Ezt az eljárást akkor alkalmazzák, ha a hagyományos módszerek nem lehetségesek, például súlyos betegségek esetén, amelyek megakadályozzák a hozzáférést. A virtuális kolonoszkópia lehetővé teszi a páciens állapotának átfogóbb felmérését az emésztőrendszer vizsgálatával egy szűkületes vagy szubokkluzív elváltozás felett.
Ennek a technikájának részletesebb magyarázata: Ez egy endoszkópos eljárás, egy egyszerű vizsgálat után háromdimenziós számítógépes rekonstrukciókat alkalmaznak. A számítógép grafikus animációját készíti, amely a vastagbél nyálhártya felületének képeit vagy nagyobb pontossággal jeleníti meg, mint a hagyományos kolonoszkópia.